Das Zoologische Museum bildet zusammen mit dem Zoologischen Institut der Universität Greifswald eine Einheit. Die umfangreichen Sammlungen sind die Grundlage wissenschaftlicher Forschung (z.B. Insektensammlung) und dienen der studentischen Ausbildung (Lehr- und Demonstrationssammlung). Darüber hinaus steht ein Teil der Lehrsammlung (sog. Schausammlung) allen tierkundlich interessierten Besuchern über Führungen offen. Das Museum ist der Abteilung Allgemeine und Systematische Zoologie zugeordnet.